O que é necessário para a realização da Fenotipagem Virtual?

Para realizar o teste de Fenotipagem Virtual, primeiro deve ser feita a genotipagem, ou seja, o sequenciamento do vírus.Este teste de genotipagem pode ser realizado pelo Centro de Genomas ou  por um outro laboratório especializado.

O que é Virco?

 A Virco é uma empresa de biotecnologia e pesquisa sediada na Bélgica, conhecida por possuir o maior banco de dados do mundo para amostras de resultados pareados de genotipagem e fenotipagem (mais de 30.000 resultados).Também é conhecida por seu pioneirismo tecnológico na luta contra o HIV, pois os cientistas da Virco foram um dos primeiros a desenvolver testes para resistência do HIV-1 às drogas.
O Centro de Genomas é parceiro da empresa Virco e exclusiva para todo o Brasil na realização da Fenotipagem Virtual para a resistência do HIV-1 aos anti-retrovirais.

Testes de resistência ao HIV

 1-    O que é um teste de resistência?

 O teste de resistência do HIV aos anti-retrovirais pode determinar quais drogas anti-retrovirais podem ser mais ou menos efetivas contra um vírus específico. Existem três principais tipos de testes de resistência às drogas: genotipagem, fenotipagem e fenotipagem Virtual.

O teste de Genotipagem informa o código genético do vírus para detectar mutações ou diferenças entre o HIV “tipo selvagem” ou “normal”. Baseado no padrão destas mutações, o médico pode predizer a quais drogas um determinado vírus será resistente e para quais ele será suscetível , isto é, quais drogas serão efetivas contra o vírus.

O teste de Fenotipagem é a medição direta da resistência. É avaliada a habilidade do vírus em crescer na presença de diferentes concentrações de cada uma das drogas disponíveis. Vírus resistentes são capazes  de crescer em altas concentrações de drogas. Podemos dizer que a fenotipagem é uma predição quantitativa de resistência e suscetibilidade.

O teste de Fenotipagem Virtual é a combinação da genotipagem e a predição do fenótipo. Assim, além do médico conhecer o padrão de mutação do vírus,ele possui a leitura quantitativa do grau de resistência ou suscetibilidade do vírus para cada droga.

2-    Quando é necessário um Teste de resistência?

 Existe uma grande controvérsia quanto o melhor período para se realizar o teste de resistência. Algumas organizações recomendam que os testes sejam realizados assim que o paciente seja diagnosticado para a infecção do HIV ou antes que um paciente infectado comece o primeiro tratamento. A maioria, entretanto, concorda que o teste deva ser realizado na primeira vez em que o tratamento falhe, quando ocorrem mais de uma falha terapêutica ou em grávidas.
Cada vez mais, pacientes diagnosticados possuem vírus resistentes a algumas das drogas disponíveis. Esta é uma razão para que seja realizado o teste de resistência antes de iniciar um tratamento anti-retroviral.
 

O que é Fenotipagem Virtual?

É uma nova ferramenta de trabalho utilizada para a detecção e caracterização da resistência do vírus HIV aos anti-retrovirais.

A fenotipagem virtual desenvolvida pela empresa multinacional VIRCO e já disponível no Brasil é um instrumento quantitativo para predizer a suscetibilidade fenotípica do HIV aos anti-retrovirais baseado em resultados de genotipagem. Não é por ser um teste de suscetibilidade a drogas in vitro como a fenotipagem. Esta empresa construiu um banco de dados com mais de 30.000 amostras de pacientes onde cada uma destas amostras possuía resultados pareados de fenotipagem e genotipagem. A partir do momento que se submete um resultado de genotipagem de um determinado paciente a este banco de dados, um sistema de informática conhecido como “neural netwoks” irá identificar neste banco de dados o(s) resultado(s) de genotipagem com o perfil mais parecido com a seqüência de nucleotídeos submetida. Desta forma, como cada seqüência de nucleotídeos do banco de dados (resultado de genotipagem) possui um resultado de fenotipagem correspondente, vai se obter um laudo no formato de um resultado de fenotipagem. A vantagem deste formato estaria na capacidade de quantificar a perda de suscetibilidade aos anti-retrovirais. Em outras palavras, enquanto um teste de genotipagem clássico nos dá uma resposta qualitativa, dizendo se o vírus é resistente, sensível ou parcialmente sensível, um teste de fenotipagem ou de fenotipagem virtual, além disto, quantifica a perda de suscetipbilidade, indicando o quanto a mais de droga foi necessário para inibição daquele vírus em comparação  com o necessário para inibição do vírus selvagem in vitro. Isto pode ser utilidade para pacientes muito experimentados com várias terapias de resgate prévias. Nestes casos, a resposta “qualitativa” dos testes de genotipagem pode não ser suficiente quando se deseja escolher o melhor esquema para um paciente que apresenta resistência a todos ou praticamente todos os anti-retrovirais.

 

Estudos prospectivos comparando o desempenho de testes de fenotipagem versus testes de fenotipagem virtual em terapia de resgate demonstra uma superioridade dos testes de fenotipagem virtual (Perez-Elias et al 2003, Mazzotta et al, 2003). Isto se deve ao fato dos testes de fenotipagem virtual na verdade serem testes de genotipagem e assim sendo, relatarem misturas populacionais virais em um determinado códon. Como exemplo, a presença da mutação M184M/V, demonstrando que existe uma mistura de populações virais do tipo selvagem que apresentam a metionina na posição 184 da transcriptase reversa com população viral mutante que apresenta a valina nesta posição, esta última levando à resistência. Quando se cultiva a partir da amostra do paciente misturas de vírus mutantes e sensíveis, os vírus sensíveis tendem a predominar sobre os resistentes (melhor fitness). Desta forma, no caso citado anteriormente, somente o vírus com a metionina da posição 184 seria detectado em cultura e estaria se subestimando a resistência neste paciente. A fenotipagem virtual considera o vírus resistente para esta análise e desta forma o resultado é mais fidedigno."